O Secretariado Geral para as Missões também é um órgão auxiliar do Regime Geral. Tem como função coordenar e dar manutenção aos trabalho da Sociedade em terras de missão. O secretariado serve de ponte entre as províncias e os lugares de missão. Busca constantemente desenvolver a consciência de que todos somos responsáveis pelo anúncio do Evangelho. Em cada Província ou Região existe um secretariado para as missões que realiza suas atividades de acordo com as orientações do Secretariado Geral. Este, a cada seis anos organiza um Congresso dos Secretários para as Missões, durante o qual partilham-se experiências e são planejadas atividades para o futuro.