Le Secrétariat Général pour les Missions est un organe auxiliaire de la Direction Générale. Le rôle du Secrétariat consiste dans la coordination et le soutien du travail de la Société en terre de missions. Le Secrétariat joue le rôle de pont entre les unités administratives pallottines qui existent en terre de missions et les autres qui travaillent ailleurs. Par rapport à ces derniers, le Secrétariat cherche à éveiller la conscience que tous sont responsables de l’annonce de l’évangile dans le monde entier. Dans chaque pays il existe un Secrétariat Provincial pour les Missions qui déploie son activité en accord avec le Secrétariat Général.
Le Secrétariat Général pour les Missions organise chaque six ans un Congrès des Secrétaires pour les Missions pendant lequel ceux-ci partagent leurs différentes expériences et discutent des projets d’avenir.