Este Secretariado General es otro órgano auxiliar del Gobierno General. Su función consiste en la coordinación y en el apoyo al trabajo de la Sociedad en tierras de misión. Cumple la función de puente entre las unidades administrativas de la SAC presentes en las de misiones y las que trabajan en otros lugares. Respecto a estas ultimas el Secretariado trata de aumentar la conciencia de que todos son responsables por el anuncio del evangelio en todo el mundo. Cada provincia y cada región tienen a su vez un propio Secretariado para las Misiones que cumple su actividad de acuerdo con el Secretariado General.
El Secretariado General organiza cada seis años un Congreso de Secretarios provinciales y regionales en el que se comparten experiencias y se elaboran proyectos para el futuro.