Das Generalsekretariat für die Missionen ist ein Hilfsorgan der Generalleitung. Die Aufgabe des Sekretariates besteht in der Koordination und Unterstützung der Arbeit der Gesellschaft auf den Missionsgebieten. Das Sekretariat erfüllt die Funktion einer Brücke zwischen den pallottinischen Verwaltungseinheiten, die in den Missionsgebieten existieren und denjenigen, die in andern Ländern wirken. In Bezug auf die letzteren versucht es, das Bewusstsein zu heben, dass alle Verantwortung für die Verkündigung des Evangeliums auf der ganzen Welt haben. In jedem Land besteht ein Provinzsekretariat für Missionen, das seine Tätigkeit in Absprache mit dem Generalsekretariat für die Missionen gestaltet.

Das Generalsekretariat für Mission bereitet alle sechs Jahre einen Kongress der Missionssekretäre vor, auf dem die aktuellen Erfahrungen ausgetauscht und die Pläne der künftigen Tätigkeiten besprochen werden.